Zur Zeit des Nationalsozialismus entstand unter der Propaganda der NSDAP die Bezeichnung der „Deutschen Christen“. Diese forderten eine einheitliche Reichskirche, frei von „Liberalismus, Judentum und Marxismus“. In der Epiphaniengemeinde konnten sich die Deutschen Christen bei den GKR-Wahlen nicht stark genug behaupten und lagen mit fünf von achtzehn Sitzen unter dem Durchschnitt. Der damalige Pfarrer Nebel freute sich nicht nur darüber, sondern wurde auch aktiv in seinem Bestreben um Frieden innerhalb der Gemeinde, indem er dafür sorgte, dass wöchentlich 1000 Exemplare des „Volksblattes zur Erweckung und Förderung des christlichen Lebens“ verteilt wurden. Auch die Jungend fand in dieser Zeit einen Zulauf junger Menschen, was durch die Organisationen der Nationalsozialisten nicht selbstverständlich war.

1932 endeten die „Berichte über die kirchlichen und sittlichen Zustände in der Epiphaniengemeinde“, die Propaganda der NSDAP stieg weiter an und somit auch Widereintritte der Deutschen Christen in die Gemeinde. Im Laufe der Jahre bildete sich jedoch die Bekennende Kirche, welche von Pfarrer Nebel in der Epiphaniengemeinde vertreten wurden. Der zum Großteil aus Deutschen Christen bestehende GKR versuchte, ihn abzuberufen, scheiterte jedoch. Als aber eine fünfte Pfarrstelle geschaffen und eine weitere neugewählt werden sollte, kamen zwei neue Pfarrer und Vertreter der Deutschen Christen in die Gemeinde, was auf Proteste stieß. Pfarrer Nebel wurde in „Schutzhaft“ genommen.

Während des Krieges erstarb das Gemeindeleben mehr und mehr, viele Gemeindemitglieder waren in NS-Organisationen tätig und die evangelischen Jungendverbände wurden in die HJ eingegliedert. Die Gemeinde war gespalten. Das Gebäude jedoch überstand die Kriegsjahre relativ unbeschadet, bis im Mai 1945 die Kirche in Brand geschossen wurde.